学术界对外来种入侵发生的原因并不清楚，大致可以分两个方面来讨论。一是从入侵者的角度分析，二是从被入侵的生态系统去考察。生物入侵要经历传播、定居、生长繁衍几个阶段。
外来物种通过人们的活动，被有意或无意地带到以前没有生存过的地方。一部分成功地扎下了根开始生长，而有些就因“水土不服”等原因落得个“出师未捷身先死”。
建立了根据地的物种渐渐适应了当地的环境，慢慢地开始利用其自身的优势不断扩大占领区，有效利用资源，排斥和驱逐本地物种。
一般说来入侵性强的物种都具有一些相应的特征，例如：繁殖能力强，植物能产生大量的种子，动物则产卵量大或产仔量大，这样不仅提高其后代存活的绝对数量，也提高了其传播的几率，在入侵的第一个阶段就占有了优势。
为了解释这些现象，科学家们提出了以下几点假说：生态位空缺假说、生物因子失控假说、群落物种丰富度假说、以及迁入前后干扰假说。
生态位空缺假说的意思是说，在一个稳定的生态系统中，每一个岗位上都已经有了一个物种，就像俗话说的“一个萝卜一个坑”，这样外来的“萝卜”就没有地方去了，因此入侵也就不会发生了。如果某个地方少了一个“萝卜”，而恰好外来的萝卜正好适合这个坑，那么入侵也就发生了。
生物因子失控假说的中心思想是，外来入侵种在新区域得以生存和繁殖，不是因为入侵种本身具有的特性所致，而是由于它们偶然到达了不具备天敌或其它生物限制的新环境，因而快速扩散造成灾害。
也就是说外来生物之所以在其原产地没有什么危害，是因为在原产地有天敌或其它的生物因素限制了它的灾难性爆发，而在被入侵地恰恰少了这些讨厌的克星，于是这些外来者不失时机地为所欲为了。
该假说是解释外来种成功入侵最直接的假说，并促使人们在入侵种原产地去寻找其天敌以进行生物控制。
“干扰假说”指的是，人为或者被人们驯化和迁移的植物和动物，可以对环境造成突然的、剧烈的干扰，有可能促进入侵。
若本种未能驯化或适应，而已经适应了的迁入者一旦进入，即可很快形成入侵。水灾、涝灾、农事活动、家畜的饮食、湿地的排水，或河流、湖泊中盐分和营养水平的改变均可引起这种后果。异常的扰动，如火，在一些大的生物入侵中起了很大的作用。
此外，在外来生物入侵中还有一个重要的现象，那就是“时滞”。就是指入侵性外来生物从开始在新的环境里定居到种群开始快速增长和迅速扩大“占领区”之间的时间延迟期。
就是入侵者在最初的时间不会大量繁殖、扩展领域，它们安安静静地在新到达的地方生长。
如巴西胡椒在十九世纪被引入美国的佛罗里达，但是直到二十世纪六十年代早期，它们并不为人所知。现在，在佛罗里达它们已经占据了280,000英亩的面积，并且群落密集，没有别的植物能与之竞争。
还有一种叫千里光的植物，它原先在十八世纪末仅生长在牛津植物园，但到十九世纪中叶很快蔓延到英国许多地方。
外来生物入侵过程中的时间延滞，或有或无，或短或长，从短短的几年到几十年或上百年，更有甚者可以持续几个世纪。这样就使得外来生物入侵更加难以琢磨，说不定在我们周围默默无闻存在了很长时间的某种什么外来生物会突然爆发性生长，给人类带来许多麻烦。
至于“时滞”产生的原因，至今还不清楚。其可能的原因有以下几点：
一、由于外来种最初定植的生境并不适于其生存，需要时间扩散到适于其生长的环境；
二、由于道路、河流、山谷等天然屏障的阻挡，或人为的限制，使之不能扩散到其它有利于生长的地区；
三、因为种群太小没有引起人们的注意，但种群却是一直在增长的。这与人们对外来种的认识程度、重视程度有关；
四、潜在入侵者的数量和分布状况。一个种群要想快速繁殖，需要达到一定的种群大小，在突破这个临界点以前，入侵者不会大规模的爆发；
五、产生适应新环境的新基因型的遗传变异所需的时间；
六、等待生境的变化。有的外来种在不利的生存条件下可以维持自身的生存，但不能爆发，一旦生长条件适宜将迅速扩增，伺机爆发。
