关于土家族的族源，说法不一。
一说是古代巴人的后裔。认为从《十道志》等书的记载和唐代刘长卿、刘禹锡等人反映湖南风习的诗词来看，“巴人”的确广泛进入湘东北、湘西和沅、湘流域；今湘西土家族自称“毕兹卡”（“比兹卡”），历史上巴人聚居与活动区域内的有些地名，读音与“比兹”近似；巴人的姓名、族名等，也有些和“比兹”的读音近似；巴人和土家族都有关于虎的故事与神话；巴人崇拜白虎神与土家族相同；巴人与土家人的姓氏一部分相同。
一说是古代由贵州迁入湘西的“乌蛮”的一部。此说根据《溪州铜柱记》说：“盖闻牂牁接境，盘瓠遗风，因六子以分居，入五溪而聚族。”认为土家族来自贵州。贵州境内一直有“比兹”族，如民国《大定县志》卷五谓：“比济系白罗罗之名，因号其地为比跻，久之讹为为毕节”。
元代的《经世大典招捕总录》的《八番顺元诸蛮》篇中也说今贵阳、惠水之间有“必际”一族。“比跻”、“必际”，当即“比兹”，和土家族的自称相近。据历史记载，中唐以后，“越嶲”一带的“乌蛮”曾入贵州。“兵敷出，侵地数千里”。当地土著一部分被其征服，就是“白罗罗”称谓的起源，一部分与他们进行长期的斗争，最后被迫迁入湘西和云南。“土家”这个名称即是对新侵入的“乌蛮”而言。土家族的语言与西南彝族比较接近，也是土家族来自贵州的一个佐证。
一说是唐末至五代初年（910年前后）由彭瑊率领的从江西迁居湘西的百艺工匠的后裔。一部分人在沅陵定居下来，至明洪武二年（1369年），又由沅陵莲花池迁往湘鄂西山区，披荆斩棘，开山辟岭，繁殖生息。
一说是以自古以来就定居在湘鄂渝黔边境的土著先民为主体，融合了其他一些部族的先民而形成的，特别是构成湘西土家族主体的是湘西古代土著居民。主要证据是：其一，从湘西地区所发掘的文化遗址来看，湘西地区早在公元前4000多年前即有人类栖息。
其二，土家族人自称“毕兹卡”，即“本地人”之意，称苗族为“白卡”，即“邻居的人”之意，称汉族为“帕卡”，即“外来的人”之意，这一语言现象说明土家族和苗族是湘西地区土生土长的古老居民；其三，从土家族巫师“土老司”的祭祖唱词和摆手舞的歌词来看，传说中的土家族祖先迁徙都在酉水流域回旋，并未越过大江大河和经过长途跋涉。
随着时代的发展，土家族多元来源说为大多数人所认同，即以古代巴人[5]的两支——廪君蛮和板楯蛮为主源，融合当地土著和进入该地区的汉人、濮人、楚人、乌蛮等族群共同构成。可以断定，大约自唐末五代以后，土家族这一稳定的人们共同体开始逐渐形成为单一民族。新中国成立后，党和政府组织了五次调查，于1956年10月，确定了土家族的民族成份。1957年1月3日，中共中央统战部电告湖南省委和湖北、四川、贵州省委统战部，确定土家族为单一民族。
