高山族还保留有原始宗教的信仰和仪式。他们崇拜精灵，各地信仰的神不一，有天神、创造宇宙之神、自然神、司理神和其他精灵妖怪。祭仪有农事祭（包括开垦祭、播种祭、除草祭、收刈祭、新谷入仓会等，主要的是栗祭）、狩猎祭、渔祭、祖灵祭等。盛行巫术，其占卜方法有鸟卜、梦卜、水占、竹占、瓢占、饭占等，并有多种形式的巫术。
高山族社会是一个灵魂崇拜及祭祀盛行的社会。
灵魂，被认为充斥于宇宙万物，从浩渺苍穹的日月星辰、浮云彩霞、霹雳闪电，到辽阔大地的山川湖海、飞禽走兽、螣蛇游鱼，无不具有神秘的灵魂。在他们看来，千年古木的蓊郁葱茏，萧瑟茅芦的迎风摇曳，如同活人动作神态一样，是受某种灵魂所支配的。这种泛神论观念存在于扑朔迷离的图腾神话和图腾艺术里面，也体现于繁褥冗长的祭祀仪礼之中，例如人祖神话传说中溯源人类生于巨石、大树、蛇、虫、鸟等，排湾人在门楣窗檐以及人体上有关百步蛇与人头的的纹饰与图绘，曹人对榕树的祭礼与禁忌，都是泛神论观念的产物。
高山族一般相信人死后灵魂不灭永世长存，并在默默中保佑其子孙后代。一般称灵魂为神，对神的信仰大部分就是对祖先的崇拜。从而将祖训看成是神的旨意不敢违犯。同时还相信祖神会附托在动物身上。传说“西稀利”（小鸟，形似麻雀）和“夫伦”（毒蛇名，即百步蛇）是神灵的化身，人们不能杀害。
过去，高山族中还传说“西稀利”的不同叫声，会暗示给人吉凶祸福，排湾人之后以喜爱蛇形的雕刻，据说也是为了祈求祖先保佑。对其他的自然现象、疾疫、灾害等，都认为有神在司掌。神有好坏之分，祭祀好神求降人以幸福，农业丰收，多得猎物和鱼类，并祈祷好神消除坏神所带来的各种灾害。总之，祖灵崇拜不仅渗透到高山族社会生活的各个方面，而且了深入到每个人的意识形态领域，变成人们精神生活的一种强有力的支柱。
