或许当时使用了“毁器”“燎祭”的方式进行祭祀，“我们现在还不能理解这种行为的特殊用意。”有专家提出“毁器”可能与王者更替有关系。“是不是新王会把旧王的器物全部毁掉埋葬，然后自己再做一套？那么这样的话是不是还会有更多的祭祀坑？”亡国宝器掩埋坑就此产生。
随着三号坑的出现，越来越多的猜想让雷雨欣喜。随后，考古人员勘探发现，三号坑长5米2，宽2米三，非常方整的一个长方形的坑，方向和二号坑一模一样，大小也和二号坑一模一样，出土器物的深度也一模一样。大家认为，三号坑就是二号坑的“孪生兄弟”，就连见多识广的考古人员都感叹“太激动了！”
之所以如此激动，雷雨解释，这对解释一、二、三号坑的性质很有作用。“三号坑的发现，将冲击很多三星堆考古的现有观点。”在此之前，关于三星堆一二号坑的性质一直有不同说法。有的研究者认为是祭祀坑，但也有学者提出质疑，认为根据古代文献记载和现代考古材料，中国古代祭祀无论是埋祭还是燎祭，它们所用的祭品不外乎牲、玉两类。从未见有过将大量金、铜、玉、石、骨器一起焚烧或一起掩埋的现象。
三星堆器物坑埋藏物品的巨大数量，也使人难以相信这是用于祭祀的目的。且不要说经常举行这样的祭祀非一般国家财力所能承担，就是一年或十年举行这样一次祭祀也太劳民伤财。这些也都是祭祀坑之说难以解释通的。也有学者将这两座器物坑与墓葬挂起钩来，或称之为墓葬陪葬坑，或称之为火葬墓。
但三星堆《二号坑简报》结语中已经指出，在三星堆一带，经过“半个多世纪的调查发掘，附近没有发现墓葬区。在两坑的周围，砖厂10余年烧砖取土，也没有发现墓葬”。因此，三星堆器物坑是墓葬陪葬坑的可能性很小。还有学者提出三星堆器物坑系某种特别原因形成的掩埋毁弃宝器的掩埋坑，或者为亡国宝器掩埋坑。到底是祭祀坑，还是墓葬陪葬坑？还是亡国宝器掩埋坑？学界一时众说纷纭。据雷雨介绍，如今，三号坑的发现，几大坑的“祭祀说”性质开始占了上风。
