水晶头骨的信息多来源于传说，死亡的人头骨和美丽的水晶的组合为其添加了许多神秘感。
《水晶头骨之谜》中说：根据长老会传下来的说法，共有52个。玛雅人有13个，其他的散布在世界各地的神圣之地，其中包括美洲许多其他土著部落，也包括西藏和澳洲土著等部落。但是已不到52个了，因书中提到：在危地马拉的一个村庄，村里的土著人把水晶头骨拿给神父看，神父说是魔鬼制作的，于是就把那水晶头骨打得粉碎。
书中说：其中12个头骨的下颌骨能活动，称作“会唱歌的头骨”，里面存储了大量知识，是外星人从天狼星座给地球人带来的礼物。为了协助知识的传播，外星人在地球上又制作了40个下颌骨不能活动的头骨，称作“会说话的头骨”。
有传说美洲印第安人中流传着一个古老传说：古时候有13个水晶头骨，能说话，会唱歌。这些水晶头骨里隐藏了有关人类起源和死亡的资料，能帮助人类解开宇宙生命之谜。
根据传说，人们必须在2012年12月21日之前找到全部头骨。那一天是已经循环了5126年的玛雅历法的终结。除非13个头骨聚集在一起并按正确的位置摆放，否则地球将飞离轴心。只有那样做，头骨的超自然力量才能挽救地球。
虽然人们对玛雅文化中种种不可理解的成就早有所闻，但这个1927年在中美洲洪都拉斯玛雅废墟中发现的水晶头颅，却依然令人震惊。这个头颅用水晶雕成，高12.7厘米，重5.2公斤，大小如同真人头，是依照一个女人的头颅雕成的。
这颗头颅的五官比例与现代人一模一样，牙床上整齐地镶着上下两排牙齿，眼睛由圆形水晶石点缀，鼻骨则由三块水晶石拼成。至今一千多年历史，专家们研究过头颅的表面及其内部结构后，肯定其历史非常悠久。
墨西哥的原居民阿兹特克人有用石头、骨头、木头等材料雕刻人头骨的习俗，称为“死亡头”。其中有一些是用水晶雕刻的，形状夸张、抽象，风格较为一致，而且一般都很小。比如大英博物馆藏有两个被鉴定为属于“古代墨西哥”的小头骨，小的一个是用滑石雕刻的，大的一个是用水晶雕刻的，高度也不过1.25英寸。
两个都有穿孔，估计是当念珠或护身符用的。巴黎的一家博物馆也藏有一个水晶头骨，大约为真人头骨的一半大小，法国专家认为是阿兹特克人在14或15世纪时制作的。但是这并不是神秘现象或“新时代宗教”鼓吹者所说的水晶头骨。他们心目中的水晶头骨，与真人头骨差不多大小，风格写实，惟妙惟肖，据称是玛雅人的圣物，拥有神秘的力量。
据说水晶头骨有催眠功能，如果让一个人紧盯着水晶头骨的眼睛处，不多时人便会感觉昏昏欲睡，传说头骨是玛雅人为病人做手术时催眠病人用的。
另外，有谣言说：水晶是世界上硬度最高的材料之一，用铜、铁或石制工具都无法加工它，而1000多年前的玛雅人又是使用的什么工具呢？而且近代光学产生于十七世纪，而人类准确地认识自己的骨骼结构更是十八世纪解剖学兴起以后的事。一千多年前的玛雅人是怎样掌握这些高深的解剖学和光学知识的呢？
古代玛雅人并非做不出在解剖学上很精确的头骨来，他们不是一群无知的人，而是数学、天文学和历法方面的专家。他们所拥有的技能可以与现代技术相匹敌，甚至还能超过它。但是没有确凿的证据能够表明古代玛雅人真的曾经拥有过水晶头骨。
有一些证据倒是能表明古代玛雅人有可能制作过水晶头骨，但也有另外一些证据表明，是后来的阿兹特克人和墨西哥中部及高原上的印第安人制作了它们。这些古代人都善于在水晶上雕刻一些美丽的物品，也很频繁地使用过头骨这一意象。
不过大英博物馆藏有两个和巴黎的一家博物馆收藏的水晶头骨据科学家检测，水晶中的物质并非是阿兹特克人用当时的水晶原料手工打造的，而且打造的工具留下的痕迹也证实是在17-18世纪的砂轮打造的。
头骨被证明是用现代工艺伪造的。但反思，是先有了从古代流传下来的传说之后，才有被伪造的头骨。而还无法证明是先有人在现代造出了头骨再返回古代去编造一段传说让它流传下来的呢？
