崇祯皇帝即位后，立即着手铲除魏忠贤，并在魏忠贤死后，将他碎尸万段、悬首示众。崇祯的行为，赢得了当时人们的称颂。
然而，崇祯十七年三月，北京城被农民军围困，崇祯在自杀殉国前做了一件让人意外的事，秘密收葬魏忠贤遗骸，重新安葬在魏忠贤生前看好的香山碧云寺。为什么崇祯会这么做呢?
人在面临绝境时，往往会重新审视自己之前的所作所为。崇祯皇帝也在这将要国破已亡之时，重新回顾了魏忠贤的价值，才发现，也许此时魏忠贤尚在，明朝不至于走到今天这样的境地。
魏忠贤专权主政时，时任皇帝是明熹宗朱由校。这个皇帝就是明朝历史上著名的那个木匠皇帝，爱木匠活胜过爱国事，说实话，真让这个木匠皇帝来治理国家，明朝也许亡得更快。
也因为朱由校喜欢做木工，给魏忠贤制造了专权的机会。据记载，魏忠贤每次都在朱由校潜心于木工研究时奏报国家大事。每当这个时候，朱由校都会感到十分厌倦，对魏忠贤说，我知道了，你看着办就事。于是，逐渐地魏忠贤就掌握了朝政，导致奸佞当道，特务横行。
当然，站在正统的立场来说，魏忠贤身为太监，本不该弄政，加上魏忠贤本身贪图权势，谋害忠良，干了很多坏事，所以历史上都他的评价就是一祸乱国家的奸臣。
但抛开正统的言论，只就其个人能力来说，魏忠贤有良好的处理大事的能力，在明末党争不断的环境下，对于维护大明朝廷内部的稳定是有重要作用的。明熹宗朱由校在将死时还曾对崇祯说过：魏忠贤恪谨忠贞，可计大事。虽然“忠贞”之说有失偏颇，但“可计大事”的评价却是很贴切的。
具体来说，魏忠贤在其专权期间作出的功劳有如下二点：
一是，魏忠贤阉党的得势，使得长于空谈的东林党人的势力大受打击，使得明朝从纷乱的党争中摆脱出来，国内政治得以稳定。
二是，魏忠贤善于用人，在边关的防御上，调拔适当，北方对于满清起到了有效的抵抗作用，所以，在魏忠贤专权时期，满清在边关上并没占到什么便宜。
当然，以上两点并不能抹杀魏忠贤扰乱朝政，“奸盗内帑，诬陷忠良，草菅多命”(崇祯语)的种种奸佞行为。但崇祯皇帝在铲除魏忠贤一党后，由于他自身多疑等自身性格缺陷，却并不能很好的管理国家。重新启用的东林一党又空谈误国，导致党争又起，朝廷内耗不断。所以，最终导致的结果是，崇祯极为勤于政事，却始终无法阻止明朝的颓势，反而加剧了明朝的灭亡。
1644年3月，李自成的大军攻破北京城，面对已无力回天的大局，崇祯感到极为绝望。此时，身边的太监曹化淳感叹地说了一句“忠贤若在，时事必不至此”，让崇祯皇帝突然想到了明熹宗朱由校临死时说的话，想到自己未听从兄长的安排，仓促铲除魏忠贤一党，导致今天的亡国之境，于是就悄悄让人收敛魏忠贤的遗骸。
