尽管南极洲假说找到了一些证据，但是仍然存在不能解释的问题。南极洲就是亚特兰蒂斯的证明还存在许多疑点，并不能百分百确定南极洲就是亚特兰蒂斯的遗迹。
首先，时间差异较大。历史和考古学发现，关于大洪水的传说，全世界500多个古老民族，各自都有传承下来的记忆一致的“大洪水”。在中国的语言文化中，把这次人类文明开始的时间纪元称为“洪荒时代”。地球岩石圈的整体滑转，虽然会造成全球性的洪水，但时间是1.1万年前。而各民族流传下来的集体记忆是6千多年前。
柏拉图说“在梭伦九千年前左右，海格力斯之柱（直布罗陀海峡）对面，有一个很大的岛，从那里你们可以去其它的岛屿，那些岛屿的对面，就是海洋包围着的一整块陆地，这就是‘亚特兰蒂斯’王国”。而亚特兰蒂斯大约在公元前16000年时突然沉入海底，时间并不相符。
其次，位置差别太大。亚特兰蒂斯是大西洋中间一块孤立的大陆，而南极洲在大西洋的彼岸。在西方位置看，南极洲和亚特兰蒂斯的方向大体一致。而在南美洲位置看，南极洲和南美洲人传说的“大西洋中的母大陆”方向差别太大。如果地壳板块整体滑转，各大陆板块的相对位置应该基本不变。如果南极洲真是“母大陆”，南美洲人就不会传说其沉入大西洋。因为南极洲离南美洲较近，相对位置未变。
南极大陆，是指南极洲除周围岛屿以外的陆地，是世界上发现最晚的大陆，地位于地球的最南端。南极大陆95%以上的面积为厚度惊人的冰雪所覆盖，素有“白色沙漠”之称。
与南极大陆最接近的大陆是南美洲，它们之间是970千米宽的德雷克海峡。南极大陆与其他大陆不仅相距遥远，而且周围还为数公里乃至数百公里的冰架和浮冰所环绕，冬天时浮冰的面积可达1900万平方千米；即使在南极的夏天，其面积也有260万平方千米；南极大陆周围海洋中还漂浮着数以万计的巨大的冰山，为海上航行造成了极大的困难和危险。
再次，在所有古老民族的传说中，都无大洪水泛滥时大幅降温的记载。说明这次人类的祖先未经历冲向北极的全球性天灾，在时间上两者错开。然而有的古老民族世代相传的记述和“经史”中，流传着两期甚至三期人类文明更替的记忆：上上次人类文明结束于“骤然降临的严寒”，上一次结束于“大洪水”。这个记忆与地球板块滑转的推断，在时间和效果上一致。
亚特兰蒂斯仍在大西洋底沉睡，依然难觅踪迹。也许有朝一日打开南极大陆冰山，就能发现更早一期人类文明的完整档案。
尽管问题越来越多，但人类文明在天灾中更替的演变，却越来越清晰地展现出来。史前文明说，在对“谜一样的历史遗迹”的科学探索中诞生，通过逻辑论证，突破传统观念的框架发展起来。
